阜阳市第五人民医院儿科始建于1988年，设置有24小时儿科门急诊、儿科专科门诊、儿保门诊、新生儿病区及儿科病区。现有医护人员33人，其中副主任医师4名，主治医师10名；主管护师9名，省级专科护士3名。

儿科开放床位普儿科30张，配备有小儿洗胃机、心电监护仪、排痰机、吸痰器。儿科病区可以对各种原因所致的腹泻，重症肺炎伴呼衰、心衰，肾炎，肾病，各种原因所致的脑炎等规范化治疗。

儿科24小时门急诊，坐落于1号楼4楼，通过门诊改造，形成具有儿童特色的独立就诊区域，现有的门诊标准化雾化室、先进的儿保检测系统，能满足儿童雾化及儿童健康体检功能。

新生儿病区开放床位15张，配备有科曼无创双水平呼吸机2台，德尔格高频呼吸机2台，GE高级暖箱2台，新生儿暖箱、心电监护仪、双面蓝光治疗仪等先进设备。目前已建成县级危重新生儿救治中心，与安徽儿童医院成立医联体单位，努力打造高质量危重新生儿救治中心，为全区高危新生儿保架护航。